L’administration de l’IFAP est confiée à un conseil d’administration composé de 15 membres représentant les différents partenaires de l’institut. 

• 4 représentants de la Nouvelle-Calédonie dont le président du conseil d’administration ; 
• le haut-commissaire de la République en Nouvelle-Calédonie 
• le président de l’assemblée de la province Sud ou son représentant ;
• le président de l’assemblée de la province Nord ou son représentant ;
• le président de l’assemblée de la province des îles Loyauté ou son représentant ; 
• le président du conseil d’administration du CHT ;
• le représentant de chaque association des maires ;
• 3 représentants des syndicats les plus représentatifs dans la fonction publique.

Ce conseil d'administration est l'instance qui décide, notamment qui adopte les réglementations internes de l'établissement et qui vote le budget.

Traditionnellement il est présidé par le membre du gouvernement chargé de la fonction publique.

Le conseil de formation rend un avis sur les orientations et le programme annuel des formations, leurs conditions d’organisation, d’évaluation et de certification.

Le conseil de formation est composé comme suit :

• 4 représentants de la Nouvelle-Calédonie ou le gouvernement de Nouvelle-Calédonie, 
• le haut-commissaire de la République en Nouvelle-Calédonie ou son représentant ; 
• le président de l’assemblée de la province Sud ou son représentant ;
• le président de l’assemblée de la province Nord ou son représentant ;
• le président de l’assemblée de la province des îles Loyauté ou son représentant ; 
• le président du conseil d’administration du CHT ;
• le représentant de chaque association des maires ;
• le président de l’Université de la Nouvelle-Calédonie ;
• le directeur de la formation professionnelle continue ou la DFPC ;
• deux personnalités qualifiées, désignés en raison de leurs compétences en matière de formation professionnelle du représentant élu des formateurs de l’IFAP. 

Le conseil de formation a été renouvelé, notamment pour y faire venir plus de spécialistes de la formation professionnelle continue, afin que cette instance joue pleinement son rôle d’expertise sur la façon dont l’établissement accomplit sa mission.